Распространение амфибий (земноводных) связано с наличием в пойме реки Или постоянных водоемов со стоячей водой, образующихся и пополняющих запас воды при весенних разливах, а также временных водоемов и родников.
Амфибии в национальном парке "Алтын-Эмель" представлены 5 видами, 3 из них занесены в Красную книгу Казахстана (отмечены звездочкой).
Семиреченский лягушкозуб* – Ranodon sibiricus. Встречается в горных речках или ручьях с илистым дном на высотах 1800-2200 м. Занесен в Красную книгу Казахстана как вид с сокращающимися ареалом и численностью, а также в Красный список МСОП как вид, находящийся под угрозой исчезновения.
Жаба Певцова, среднеазиатская жаба, данатинская жаба* – Bufotes pewzowi. Населяет пустыни и полупустыни, встречается у разливов артезианских скважин, крупных луж и других стоячих источников воды. Занесена в Красную книгу Казахстана как малоизученный вид.
Центральноазиатская лягушка* – Rana asiatica. Встречается в восточной оконечности Капчагайского водохранилища. Занесена в Красную книгу Казахстана как вид с сокращающимся ареалом и численностью.
Озерная лягушка – Pelophylax ridibundus. Отмечается в стоячих водоемах, образованных самоизливающимися скважинами, а также вдоль реки Или.
Зеленая жаба – Bufotes viridis. Встречается в полупустынях, у артезианских скважин, колодцев и других источников воды.
