Национальный парк "Алтын-Эмель" как особо охраняемая природная территория играет важную роль в сохранении генофонда редких растений, 31 из которых занесено в Красную книгу Казахстана:
1. Рябчик бледный* - Fritillaria pallidiflora Schrenk.
2. Тюльпан Альберта* - Тulipa alberti Regel.
3. Тюльпан Колпаковского* - Тulipa kolpakovskiana Regel.
4. Tюльпан короткотычиночный* - Тulipa brachystemon Regel.
5. Тополь сизолистый, туранга* - Populus pruinosa Schrenk.
6. Каркас кавказский, железное дерево* - Celtis caucasica Willd.
7. Ревень Виттрока* - Rheum wittrockii Lundstr.
8. Смолевка Муслима* - Silene muslimii N. Pavl.
9. Пион гибридный или степной* - Paeonia hybrida Pall.
10. Водосбор Виталия* - Aquilegia vitalii Gamajun.
11. Печеночница Фальконера* - Hepatica falconeri (Thoms) Steward.
12. Голосемянник алтайский* - Gymnospermium altaicum (Pall.) Spach.
13. Барбарис илийский* - Berberis iliensis M. Pop.
14. Строгановия стрелолистая* - Stroganovia sagittata Kar. Et Kir.
15. Золотой корень, родиола розовая* -Rhodiola rosea L.
16. Яблоня Сиверса* - Malus sieversii (Ledeb.) M. Roem.
17. Абрикос обыкновенный, урюк* - Armeniaca vulgaris Lam.
18. Чезнейя джунгарская* - Chesneya dshungarica Golosk.
19. Астрагал джимский* - Astragalus dshimensis Gontsch.
20. Цельнолистник джунгарский* - Haplophyllum dshungaricum Rubtz.
21. Прангос Гердера* - Prangos herderi (Regel) Herrnst. et Heyn.
22. Морковник скальный* - Silaus saxatilis Bajt.
23. Волосореберник Голоскокова* – Pilopleura goloskokovii (Korov.) M. Pimen.
24. Ферула илийская, илан* - Ferula iliensis Krasn. ex Korov.
25. Кермек Михельсона* - Limonium michelsonii Lincz.
26. Лепехиниелла Михаила* - Lepechiniella michaelis Golosk.
27. Жимолость илийская* - Lonicera iliensis Pojark.
28. Астеротамнус кустарниковый* - Asterothamnus fruticosus (Wikl.) Novopokr.
29. Плагиобазис васильковый* - Plagyobasis centauroides Schrenk.
30. Иридодиктиум Колпаковского* - Iridodictyum kolpakowskianum (Regel) Rodionenko
31. Шафран алатауский* - Сrocus alatavicus Regel et Semen.
