Млекопитающие в национальном парке "Алтын-Эмель" представлены 7 отрядами, 70 видами, 14 из которых занесены в Красную книгу Казахстана:
1. Кулан туркменский* - Equus hemionus onager
2. Лошадь Пржевальского* - Equus przewalskii
3. Благородный олень* - Cervus elaphus
4. Джейран* - Gazellа subgutturosa
5. Сайгак* - Saiga tatarica
6. Архар, тяньшанский горный баран* - Ovis ammon
7. Азиатская широкоушка* - Barbastella leucomelas
8. Тяньшанский бурый медведь* - Ursus arctos
9. Каменная куница* - Martes foina
10. Перевязка* - Vormela peregusna
11. Выдра среднеазиатская* - Lutra lutra
12. Манул* - Felis manul
13. Рысь туркестанская* - Lynx lynx
14. Ирбис, снежный барс* - Uncia uncia
Кулан туркменский* - Equus hemionus onager
Когда-то куланы заселяли практически всю пустынную и полупустынную зоны Казахстана, но были полностью уничтожены к середине XX века. Это был казахстанский подвид кулана, ныне полностью вымерший.
В 1953 году на остров Барсакельмес в Аральском море было завезено 8 куланов туркменского подвида (онагр), где они хорошо прижились. В феврале 1982 года в связи с ухудшением экологической обстановки на острове партию туркменских куланов в количестве 23 особи завезли на северное побережье Капчагая. Животные хорошо освоились в прежних местах обитания (Илийская котловина - фрагмент ареала данного вида в прошлом), и весной появились первые куланята, чьей родиной стал Алтын-Эмель.
За 30 с лишним лет численность куланов Алтын-Эмеля увеличилась в сто раз - их поголовье на сегодня составляет более 3000 голов (3607 особей, по данным учета в 2021 году). Это самая большая популяция в мире.
Кулан - это вид из семейства лошадиных. Внешне очень напоминает осла, но имеет немало общих признаков с лошадью, из-за чего кулана нередко называют полуослом.
Куланы предпочитают держаться на открытых участках с наличием пастбищ и водоемов. Куланы - постоянно мигрирующие животные, но при наличии хороших пастбищ и водопоев по нескольку дней могут держаться в одних и тех же местах.
На территории парка "Алтын-Эмель" куланы держатся на участке от Бесшатыра до Мынбулака и Шагана, а также в предгорьях Матая, Дегереса, Шолака, в окрестностях кордона Жантогай, урочища Кызылауыз. Отдельные группы куланов встречаются около гор Катутау, Актау, Калканов.
Основу питания куланов составляют злаки, полыни, солянки, реже употребляются
кустарниковые корма. На водопой животные ходят к Капчагайскому водохранилищу и к другим водным источникам, чаще во второй половине дня ближе к вечеру (после 17 часов).
Летом куланы пасутся на расстоянии от 2 до 5 м друг от друга, а зимой - плотным строем. Длительные переходы предпринимают, когда идут на водопой или переходят на другое пастбище.
Кулан занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий и уязвимый вид.
Лошадь Пржевальского* - Equus przewalskii
Лошадь Пржевальского является еще одним примером возрождения исчезающего животного.
До XIX века табуны этих диких коней населяли обширные области равнин Казахстана, но к началу XX века лошадь Пржевальского в дикой природе исчезла полностью, и только небольшое поголовье сохранилось в нескольких зоопарках. Оно и создало условия для восстановления вида в различных местах былого распространения.
В июле 2003 года 4 жеребца и 4 кобылы из Мюнхенского зоопарка были доставлены в Алтын-Эмель, где они перешли на полувольное содержание. Через 3 года был получен первый приплод - появились жеребята, чьей родиной стал Алтын-Эмель. В настоящее время в парке находятся 10 особей на полувольном содержании.
Лошадь Пржевальского - это единственный вид дикой лошади в мире на сегодняшний день. Ранее считалось, что она является предком современных домашних лошадей, однако последние исследования указывают на то, что, скорее всего, она является еще более древним видом (3700 - 3100 гг. до н.э.) - одичавшим потомком уже прирученной лошади, которая по каким-то причинам вымерла, а успешное одомашнивание лошади произошло гораздо позднее, в бронзовом веке.
Лошадь Пржевальского занесена в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий вид, находящийся под угрозой исчезновения.
Благородный олень* - Cervus elaphus
В национальном парке "Алтын-Эмель" ведется работа по по полувольному содержанию подвида благородного оленя на территории тугайных лесов долины реки Или. Это бухарский олень, или хангул* - Cervus elaphus bactrianus.
Раньше тугайные олени обитали в Казахстане по пойменным лесам Сырдарьи, но были там полностью уничтожены.
В 1981 году в Казахстан из Таджикистана завезли 22 оленя, которые хорошо акклиматизировались на левом берегу Капчагая, в госохотхозяйстве Карачингиль в низовьях реки Тургень. Это дало возможность расселять их и на правом берегу реки Или, в тугайных лесах Алтын-Эмеля.
Другой подвид благородного оленя - марал* - также весьма редок. Один экземпляр был замечен в еловом редколесье урочища Орынтай (верховье реки Узынбулак гор Алтын-Эмель).
Благородный олень занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий вид, находящийся под угрозой исчезновения.
Джейран* - Gazellа subgutturosa
Джейраны встречаются повсюду на равнинах национального парка "Алтын-Эмель". Полвека назад эти грациозные животные оказались у опасной черты полного уничтожения. Сейчас, благодаря охранному статусу в национальном парке "Алтын-Эмель", численность местной популяции джейранов достигла 5000 голов (на зимовке в парке в феврале 2020 года учтена 5181 особь).
Численность джейрана в парке изменяется по годам и сезонам, что связано с их миграцией в пределах своего ареала. В основном это джейраны, пришедшие из Алматинской области. Точное число джейранов, составляющих оседлую "алтын-эмелевскую" группировку парка, неизвестно, так как учеты джейранов проводятся только в период зимовки.
В парке "Алтын-Эмель" характер рельефа и распределение растительности позволяет джейрану круглый год использовать почти всю территорию парка - равнинную часть и предгорья Шолака, Дегерес, Матай, Малый и Большой Калканы, Катутау и Актау, где концентрируются ранней весной. В летний период джейраны разбиваются на мелкие табуны и встречаются по всей территории парка, предпочитая участки с богатой растительностью в мелких саксаульниках. Осенью основное поголовье джейранов перемещается в предгорную зону, где зеленой травы больше, чем на равнинной части парка. В зимний период основным местом обитания служат саксаульники и участки с кустарниковыми зарослями.
Основным определяющим фактором размещения является состояние снежного покрова, поэтому места обитания джейрана ограничены районами, с высотой снежного покрова не более 10 см.
Ранней весной джейраны в отдельные годы перемещаются за пределы парка, переваливая через горы Шолак на склоны северной экспозиции и далее в пустыню Сары-Есик-Атырау, а осенью, с наступлением холодов и выпадением снега, возвращаются назад в межгорную долину Калкан и Матая.
Наблюдаются и суточные перемещения джейранов по территории парка. Со стороны Капчайского водохранилища и реки Или они переходят в предгорья Шолака, Дегереса, Матая в утренние часы, а вечером - обратно. Такая же картина наблюдается в районе гор Катутау. От урочища Мынбулак в предгорья Малые Калканы ежедневно перемещаются утром, а спускаются обратно на равнину - вечером.
Корм джейрана разнообразен - лишайники, злаки, разнотравье, полукустарники и кустарники (листья, побеги, плоды). В Илийской долине круглый год кормится полынями, солянками, кандыками, астрагалами, хвойниками и саксаулами.
Весной джейран утоляет жажду водой из многочисленных хаков (луж на такырах с талой и ливневой водой); летом посещают водопои 2-3 раза в сутки. К Капчагайскому водохранилищу чаще идут по сухим руслам; пьют также воду в родниках урочища Мынбулак.
Джейран занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкое и исчезающее животное.
Архар, тяньшаньский горный баран* - Ovis ammon
Редкий вид копытных. Обитает в горах Катутау, Калканы, в низкогорьях Джунгарского Алатау.
Поголовье архаров в национальном парке "Алтын-Эмель" не превышает нескольких десятков (в 2021 году учтено 172 особи). Для диких баранов свойственны сезонные миграции за пределы охраняемой территории. Покинув Алтын-Эмель, они лишаются должной защиты, и обратно стада возвращаются с заметными потерями.
Архары обитают в основном на открытых пространствах со слабо пересеченным рельефом: плато, пологих склонов гор, увалистых предгорий; на обширных равнинах они встречаются редко. Для них характерны пастбища с низкотравной степной или горно-степной растительностью.
В парке "Алтын-Эмель" летом архар обитает в горах Малый и Большой Калканы, Катутау, Актау, Шолак; в горах Дегерес и Матай он встречается лишь в отдельных урочищах.
С установлением снежного покрова архары, обитающие в высокогорных областях перемещаются в низкогорные, где высота снежного покрова не превышает 20-30 см. Весенне-летние миграции архара начинаются в конце мая и продолжаются до конца июня. Из гор Калканы архары кочуют в горы Шолак, Дегерес, Матай, преодолевая межгорную котловину, протяженностью 15-20 км.
Осенняя массовая миграция архаров обычно начинается в середине октября и заканчивается в начале декабря. Основная часть животных возвращается на зимние места обитания к началу гона.
Архары весной в основном поедают ковыль, курчавку. Ковыль преобладает в рационе летом и зимой. Летом поедается также таволга, солянка, овсяница. Осенью в питании преобладает лук, зимой архары поедают также ветви белого саксаула и тамариска.
Архары могут долго обходиться без воды. В Калканах источник воды один, расположенный в долине между Большим и Малым Калканами. Архары в течение теплого времени года посещают его регулярно. Животные, обитающие далеко от этого источника, вынуждены спускаться на равнину к реки Или. Посещают реку в первой половине дня, чаще утром, реже в течение дня и вечером. В период дождей животные используют воду, накопившуюся в различных углублениях. Зимой архары поедают снег, который в затененных местах сохраняется до середины апреля.
Плотность популяции архара в разных частях горных массивов парка различна. Наиболее высокая плотность в настоящее время отмечается в горах Большой Калкан и Катутау.
Архар занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы как редкий вид, находящийся в состоянии, близком к уязвимому положению.
Ирбис, снежный барс* - Uncia uncia
В 50-80-е гг. XX века снежный барс постоянно обитал по всем горным массивам юго-запада Джунгарского Алатау, а также в пустынных горах Катутау и Актау, куда проникал вслед за стадами сибирских горных козлов и архаров. В настоящее время ирбис на территории нацпарка постоянно не обитает, а заходит зимой вслед за мигрирующими стадами сибирского горного козла. Судьба снежного барса зависит от благополучия копытных животных.
Снежный барс имеет покровительственную окраску, благодаря которой малозаметен на фоне камней и травы. Животное очень осторожно и практически никогда не попадается на глаза человеку. Тем не менее из-за браконьерства вид оказался очень уязвимым, а его популяция - катастрофически малой.
Единичные встречи зверей отмечены в горах Актау и в ущелье Узынбулак Джунгарского Алатау, где следы пребывания снежного барса отмечались и в настоящее время. В горах Матай барс встречен в 2008 году, в хребтах Дегерес и Шолак - в 2020-2021 гг.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий вид, находящийся под угрозой исчезновения.
23 октября отмечается в международном календаре как День снежного барса (International Snow Leopard Day).
Отряд Насекомоядные
Ушастый еж - Erinaceus (Hemiechinus) auritus. Относительно широко распространенный на территории нацпарка вид, населяющий равнинные и предгорные его части. Наиболее предпочтительные местообитания – плоские слаборасчлененные равнины, сложенные песками, суглинками, щебнем с тасбиюргуновой, терескеновой, саксауловой растительностью, а также тугаи. Численность в последние годы низкая.
Малая бурозубка - Sorex minutus. Обычный лесной вид, встречающийся по остепененным предгорьям до субальпики по всему массиву Джунгарского Алатау, а также в пойменных местах. Относительная численность низкая.
Тундряная бурозубка - Sorex tundrensis. Обитает в границах нацпарка, преимущественно по горным участкам на высоте до 1800 м. Предпочитает осыпи, склоны с кустарниками. Относительная численность низкая.
Малая белозубка - Crocidura suaveolens. Наиболее часто встречающийся в Казахстане вид насекомоядного практически во всех типах местообитаний.
Пегий путорак - Diplomesodon pulchellum. Встречается по песчаным массивам Илийской долины. Относительная численность низкая.
Обыкновенная кутора - Neomys fodiens. Обитает по горным рекам юго-западных отрогов Джунгарского Алатау. Относительная численность низкая.
Отряд Рукокрылые
Усатая ночница - Myotis mystacinus. Обычный и один из наиболее многочисленных в Илийской котловине видов. Широкая экологическая пластичность усатой ночницы обуславливает обитание ее в самых разнообразных условиях, в том числе в пустыне далеко от водных источников.
Большой подковонос - Rhinolophus ferrumequinum. Отмечено его обитание в небольшом количестве в горах Шолак, в каменных и лессовых пещерах и нишах вблизи водоисточников.
Остроухая ночница - Myotis blythi. Значительные по численности колонии отмечены в ряде пунктов вблизи границ нацпарка.
Серый ушан - Plecotus austriacus. Широко распространенный вид в Палеарктике, в пределах нацпарка известен из находок вблизи его северных границ. Приурочен к предгорным и горным районам от 700 м и выше. Оседлый, зимующий в местах летовок вид. Относительная численность низкая.
Азиатская широкоушка* - Barbastella leucomelas. Очень редкий для Казахстана вид. Исходя из экологических особенностей, очень вероятно пребывание на территории нацпарка.
Занесена в Красную книгу Казахстана.
Рыжая вечерница - Nyctalus noctula. Обычна по предгорьям всего юго-востока республики, в том числе и парка "Алтын-Эмель". Встречается не только в отрогах Джунгарского Алатау, но и по долине реки Или. Численность высока. Большинство находок в поселках у воды.
Нетопырь-карлик - Pipistrellus pipistrellus. Широко распространен в Палеарктике. Типичный синантроп (образ жизни связан с человеком и его жильем), со множеством находок по юго-востоку Казахстана, в том числе в пределах национального парка "Алтын-Эмель" - как в горной (Шолак), так и равнинной его части (пойма реки Или).
Поздний кожан - Eptesicus serotinus. На юге Казахстана распространен повсеместно; заселяет зону пустынь, полупустынь, степей и низкогорные ландшафты. Типичный синантроп (образ жизни связан с человеком и его жильем), часто с высокой численностью. На юго-востоке - выводковые колонии, зимовочные скопления не найдены.
Северный (гобийский) кожанок - Eptesicus nilson (gobiensis). Обитатель гор и межгорных котловин с большим ареалом (Алтай, Джунгарский, Заилийский Алатау), на юге представлен южным подвидом - гобийский кожанок, хотя на зимовке добыто и несколько экземпляров северного (номинального) подвида. Относительная численность низкая.
Двуцветный кожан - Vespertilio murinus. Широко распространенный в Палеарктике, заселяет весь Казахстан (пустыни, горы, предгорья); нередок в населенных пунктах городского и сельского типа. В пределах нацпарка найден близ гор Калканы и Шолак (ущелье Кызылауыз). Относительная численность низкая.
Кожановидный нетопырь - Pipisrtellus savii. Представитель южных комплексов, широко распространен в низкогорьях Тянь-Шаня и Джунгарского Алатау до северного Прибалхашья; в Илийской котловине найден в горах Катутау. Заметна приверженность к участкам с источниками воды.
Отряд Хищные
Лисица - Vuples vuples. Широко распространенный вид. Плотность населения лисиц более высока по предгорьям Шолака, Дегереса и Матая, на отдельных участках побережья Капчагайского водохранилища и поймы реки Или.
Корсак - Vulpes corsac. Эпизодично встречающийся на территории нацпарка вид.
Волк - Canis lupus. Обычный на территории нацпарка хищник. Численность подлежит регулированию, так как волки наносят урон копытным парка - прежде всего, сибирскому козерогу и джейрану.
Шакал - Canis aureus. В последние десятилетия стремительно расширяет свой ареал на восток от бассейна реки Сырдарьи. В настоящее время появился в национальном парке "Алтын-Эмель".
Тяншаньский бурый медведь* - Ursus arctos. В середине 70-х гг. XX века считался обычным зверем, однако численность его была низкой уже в те годы. В 2001-2005 гг. следы и помет медведя неоднократно встречали в верховьях рек Тулькили и Узынбулак (хребет Алтын-Эмель) и в урочище Токсанбай на окраине елового леса. Обитание медведя в ущелье Узынбулак подтверждается инспекторами парка и в настоящее время.
Занесен в Красную книгу Казахстана.
Каменная куница* - Martes foina. Обитатель горных каменистых мест всех массивов Джунгарского Алатау вдоль северной периферии нацпарка. Не особенно редкий вид, но численность в ряде районов сокращается.
Занесена в Красную книгу Казахстана.
Ласка - Mustela nivalis. Обычный, широко распространенный зверек. На территории нацпарка зарегистрирован в пустынных местообитаниях. Встречается и в горных массивах в поселениях грызунов.
Горностай - Mustela erminea. Широко распространенный лесной вид, местами многочисленный.
Степной хорек - Mustela eversmanni. Обитатель равнинных мест. Относительная численность низкая.
Перевязка* - Vormela peregusna. Редкий вид с быстро сокращающимся ареалом. Очень редкие встречи перевязки отмечены в песках Джапаллакум в среднем течении реки Или и в щебнистой пустыне неподалеку от села Басши.
Занесена в Красную книгу Казахстана.
Барсук - Meles meles. Обычный вид семейства куньих. Следы обитания барсука и сами животные неоднократно отмечены по пойме реки Или, а также в горных массивах Алтын-Эмеля и Матая. Обнаружены постоянные жилые норы по пойме реки Или (урочище Шубырма и Бесмея), в горах Матай (урочище Талды), а также на востоке нацпарка около кордона Косбастау.
Выдра среднеазиатская* - Lutra lutra. Редкий подвид с сокращающейся численностью, обитатель поймы реки Или.
Занесена в Красную книгу Казахстана.
Степная (пятнистая) кошка - Felis libyca. Встречается по долине реки Или и в предгорьях Джунгарского Алатау. Больше всего их обитает в саксауловых зарослях и по пойме реки Или, особенно на востоке нацпарка.
Манул* - Felis manul. Редко встречаемый вид кошки. Единичные особи отмечаются по пустынным низкогорьям Шолака, Дегереса, Матая и Алтын-Эмеля.
Занесен в Красную книгу Казахстана.
Рысь туркестанская* - Lynx lynx. Очень редкий вид. Распространение в пределах нацпарка фрагментов еловых лесов (в верховьях реки Узынбулак на северо-востоке парка) позволяет предполагать постоянное обитание этого таежного зверя.
Занесена в Красную книгу Казахстана.
Снежный барс, ирбис* - Uncia uncia. В 50-80-е гг. XX века барс постоянно обитал по всем горным массивам юго-запада Джунгарского Алатау, а также в пустынных горах Катутау и Актау, куда проникал вслед за стадами сибирских горных козлов (тэков, таутеке) и архаров. В настоящее время ирбис на территории нацпарка постоянно не обитает, а заходит зимой вслед за мигрирующими стадами сибирского горного козла.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий вид, находящий под угрозой исчезновения.
Отряд Непарнокопытные
Кулан* - Equus hemionus. Как известно, Илийская котловина - это фрагмент прошлого ареала данного вида, где обитал ныне вымерший казахстанский подвид, Equus hemionus finschii. Об этом даже свидетельствует одно из урочищ национального парка - Куланбасы. В настоящее время здесь интродуцирован, точнее, реакклиматизирован другой подвид – онагр, туркменский кулан* - Equus hemionus onager. Это событие достаточно подробно описано в научной литературе. Кулан в национальном парке "Алтын-Эмель" прижился, и сейчас его численность составляет более 3 тысяч экземпляров.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий и уязвимый вид.
Лошадь Пржевальского* - Equus przewalskii. До XIX века табуны этих диких лошадей населяли обширные территории Казахстана. К началу XX века этот вид исчез полностью, и только небольшое поголовье сохранилось в нескольких зоопарках. В 2003 году из Мюнхенского зоопарка были завезены 4 жеребца и 4 кобылы. Через 3 года был получен первый приплод, и это дает надежду, что со временем в Казахстане может образоваться местная популяция этой дикой лошади, а фауна млекопитающих пополнится еще одним видом, некогда обитавшим на территории республики.
Занесена в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкий вид, находящийся под угрозой исчезновения.
Отряд Парнокопытные
Сибирский горный козел, сибирский козерог, тэк, таутеке - Capra sibirica. Фоновый вид копытных, обитающий по всем юго-западным отрогам Джунгарского Алатау. Основными местами обитания тэков являются участки с выходами скальных пород на высотах от 600 до 2500 м. С наступлением лета большая часть их поголовья откочевывает на северо-восток на высокогорные пастбища. А с наступлением осени вновь приходит в низкогорье и среднегорье Шолака, Дегереса, Матая и Алтын-Эмеля.
Сибирская косуля - Capreolus pygargus. Обитают две относительно самостоятельные популяции – горная, занимающая юго-западные отроги Джунгарского Алатау, и тугайная – по пойме реки Или. Горные косули совершают заметные сезонные вертикальные кочевки. Весной они поднимаются в среднегорье и уходят во внутренние районы Джунгарского Алатау. С выпадением снега к концу ноября они приходят в подгорные районы. Косули тугайной популяции совершают лишь местные кочевки, изредка проникая в саксаульники, а также отдельные древесно-кустарниковые насаждения на северо-востоке парка.
Кабан - Sus scrofa. Часто встречающийся на территории вид. Основные места обитания в небольшом количестве – по горным ущельям, от ущелья Кызылауыз на западе до ущелья Узынбулак на востоке, а в большом числе – по тугаям реки Или. На равнине, особенно в щебнистой пустыне кабан не обитает, однако может заходить в песчанистые и глинистые места. Численность свиней не претерпевает заметных колебаний.
Благородный олень, марал* - Cervus elaphus. Очень редкий вид. Один экземпляр был замечен в еловом редколесье урочища Орынтай (верховье реки Узынбулак гор Алтын-Эмель). В настоящее время в парке ведется работа по полувольному содержанию другого подвида благородного оленя на территории тугайных лесов долины реки Или. Это бухарский олень, хангул* - Cervus elaphus bactrianus.
Оба подвида занесены в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкие, находящиеся под угрозой исчезновения.
Джейран* - Gazellа subgutturosa. Один из фоновых видов копытных. Обитает на всей территории нацпарка, исключая горные участки.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы (МСОП) как редкое и исчезающее животное.
Сайгак* - Saiga tatarica. Илийская долина - один из районов исторически прошлого ареала обитания этого животного. Последних сайгаков (2 экземпляра) видели в 2003 году около кордона Мынбулак. В настоящее время сведения об этом виде в нацпарке отсутствуют.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы как редчайший вид, находящийся в критическом состоянии*.
5 мая отмечается в международном календаре как День сайгака.
* В 2022 году численность сайгаков в Казахстане резко увеличилась, что поставило вопрос о контроле популяции данного вида.
Архар, тяньшаньский горный баран* - Ovis ammon. Редкий вид копытных. Обитает в горах Катутау, Калканы. С наступлением жары и высыханием травостоя в середине июня большая часть архаров откочевывает на север в низкогорья массивов Шолак (восточная часть), Дегерес, Матай. Обратно в Калканы архары возвращаются, начиная с последней декады сентября.
Занесен в Красную книгу Казахстана и Красный список Международного союза охраны природы как редкий вид, находящийся в состоянии, близком к уязвимому положению.
Отряд Грызуны
Малый тушканчик - Allactaga elater. Довольно часто встречается на территории нацпарка. Наибольшее количество тушканчиков учтено по опустыненным предгорьям к югу от гор Шолак.
Тушканчик Северцова - Allactaga severtzovi. Нередко встречающийся вид близ кордонов Жантогай, Шыган. Относительно многочислен оказался на одном участке в окрестностях урочища Бесшатыр на плоской глинистой равнине с кейреуковой растительностью.
Мохноногий тушканчик - Dipus sagitta. Обитает в песках Жапалаккум на восточной периферии нацпарка.
Тарбаганчик - Pygerethmus pumilio. Обычен в пределах нацпарка. Приурочен как к глинистым, так и к ощебненным участкам пустыни - как правило, в наиболее низких участках.
Белка - Sciurus vulgaris. Поскольку она населяет пихтовые и еловые леса Джунгарского Алатау, не исключается возможность ее заходов, особенно в неурожайные годы, в еловые редколесья на крайнем северо-востоке нацпарка. Это верховье реки Узынбулак, урочища Карагайлыаша, Токтысай, Кызылауыз и др.
Длиннохвостый суслик - Spermophilus undulates. Распространен в горах Алтын-Эмель. В Матае, Дегересе и Шолаке его нет. Обитает в высокогорьях, реже – в среднегорьях. Встречен в субальпийском и альпийском поясе до скальников, а также на открытых участках по ущелью Узынбулак на высотах от 1600 до 2700 м. Поселения сусликов в виде «пятен» встречаются повсеместно, начиная от восточной границы парка (ущелье Талды). Названия основных ущелий, где обитает этот вид с востока на запад: Талды, Кызылауз, Копакбай, Узынбулак, Байшокы, Шайтансай, Аюлысай, Мадина, Мырзабек, Боккора. Западнее, в ущелье Тулькилисай длиннохвостого суслика нет.
Краснощекий суслик - Spermophilus erythrogenys. Эпизодически встречается в предгорной полосе гор Алтын-Эмель. Единичные его норы обнаружены в нижней части ущелья Узынбулак и Боккора.
Cерый сурок - Marmota baibacina. Отмечен только для хребта Алтын-Эмель в «островных» поселениях с низкой численностью. По ущелью Узынбулак обитает на высоте более 2000 м. Довольно широко распространен в верхней части этого ущелья в урочище Кенсай. Количество сурчиных поселений постепенно снижается к западу. Это ущелье Орынтайсай, Ереншисай, Сапак. Еще западнее, в ущелье Аюлысай сурок уже отсутствует. В целом, на Алтын-Эмеле серые сурки обитают в высокогорных степях, лугах, а иногда и в арчовнике. Их поселения по площади занимают небольшие участки и изолированы скальниками и узкими ущельями на высоте 2000-2700 м.
Лесная соня - Dryomys nitedula. Распространена в пределах нацпарка по тугаям долины реки Или, а также в пойменных лесах юго-западных отрогов Джунгарского Алатау.
Тяньшаньская мышовка - Sicista tianschanica. Населяет с низкой численностью лесные массивы хребта Алтын-Эмель от предгорий до альпийского пояса.
Емуранчик - Stylodipus telum. Единичные находки этого тушканчика относятся к небольшому участку верхней террасы реки Или на восточной границе нацпарка.
Серый хомячок - Cricetulus migratorius. Распространен на сухих лугах, в степях и полупустынях.
Хомячок Эверсмана - Allocricetulus eversmanni. Новый вид в составе фауны млекопитающих нацпарка в результате расширения ареала его обитания на юго-запад от Алакольской котловины до Илийской.
Серебристая полевка - Alticola argentatus. Обычна по всему Джунгарскому Алатау с 700 м до самого верхнего пояса. Неоднократно встречалась по скалам и каменистым осыпям в горах Матай и Алтын-Эмель.
Тяньшаньская лесная полевка - Clethrionomys centralis. Эндемичный для системы Тянь-Шаня вид. Отмечена в горах Алтын-Эмель в хвойных редколесьях.
Ондатра, мускусная крыса - Ondatra zibethicus. Акклиматизированный вид. Часто встречается в водоемах бассейна реки Или. Населяет правый берег реки Или и побережье Капчагайского водохранилища.
Водяная полевка - Arvicola terrestris. Изредка встречается на территории нацпарка, заселяя пойму реки Или.
Киргизская полевка - Microtus kirgisorum. Встречается в горной степи хребтов Матай и Алтын-Эмель.
Узкочерепная (стадная) полевка - Microtus gregalis. Нередка в горной степи и арчевниках хребтов Матай и Алтын-Эмель.
Обыкновенная слепушонка - Ellobius talpinus. Норы-колонии этих грызунов в виде почти непрерывной полосы шириной от 10 до 120 м тянутся от поста №1 до гор Большой Калкан. Их поселения располагаются вдоль берега Капчагайского водохранилища (некоторые в 10 м от уреза воды) и по правому берегу реки Или. Плотность нор до 3 на 1 га. Севернее этой сплошной полосы плотность нор гораздо ниже.
Тамарисковая (гребенщиковая) песчанка - Meriones tamariscinus. После ливийской песчанки массовый по встречаемости вид из группы малых песчанок. Обитает по тамарисковым зарослям, как чистым, так и в смеси с саксаулом на песчаных и суглинистых почвах. Населяет как пойму реки Или, так и изолированные кустарниковые массивы севернее.
Ливийская (краснохвостая) песчанка - Meriones libycus. Важнейший фоновый вид в пустынной полосе, включая остепненные подгорные участки. Наиболее предпочитаемые местообитания – караганники по сухим руслам, протянувшиеся из гор Шолак, Дегерес, Матай и Алтын-Эмель.
Полуденная песчанка - Meriones meridianus. Обычный псаммофильный вид (животное песков) на территории нацпарка. По численности занимает второе место после ливийской песчанки. Относительно более многочисленна по колониям больших песчанок в песках Жапалаккум на востоке нацпарка.
Большая песчанка - Rhombomys opimus. Фоновый вид, эдификатор грызунов нацпарка (организм, деятельность которого создает или серьезно изменяет окружающую среду). Норы-колонии ее встречены почти на всей его территории. Единичные цепочки колоний на крайнем западе (пост №1) постепенно расширяются местами до сплошных поселений больших песчанок (урочище Бесшатыр, Мынбулак) и далее на юг и восток. Некоторые участки, например, такыры и солончаки южнее Катутау, почти лишены нор-колоний этих грызунов.
Лесная мышь - Apodemus sylvaticus. Является фоновым видом грызунов горных местообитаний. Встречена по поймам рек Шолак, Тайгак, Кызылауыз, Талды, Сулумтай, Сарыбастау, Узынбулак, а также в районе Мынбулака, Куйиктумы и пойменным лесам Коктерека на восточной границе нацпарка.
Домовая мышь - Mus musculus. Занимает второе место по встречаемости из группы мышевидных грызунов. Отмечается как в жилье человека, так и в природных местах (пустынных и горных).
Отряд Зайцеобразные
Толай, заяц-песчаник - Lepus tolai. Обитает практически по всей территории нацпарка, за исключением горных участков, где отсутствует, очевидно, из-за конкуренции с зайцем-беляком. Относительно чаще толай встречается по долине реки Или в тугайных местообитаниях, также по кустарникам (чингиль, саксаул) побережья Капчагайского водохранилища. Более редок в щебнистой пустыне, хотя отдельные скопления зайцев отмечаются в саксаульниках, а также по сухим руслам.
Заяц-беляк - Lepus timidus. По территории нацпарка проходит северо-восточная граница распространения толая и юго-восточная - беляка. Их ареалы не соприкасаются между собой. Между ними существует полоса шириной до 10 км, на которой отсутствуют оба вида. Это связано, прежде всего, с зоной произрастания ели Шренка, отсутствием кустарников в предгорной полосе, а также, в целом, с природной малочисленностью данных видов зайцев. Беляк встречается в горах Алтын-Эмель (ущелье Тулькилисай). В целом, по хребту Алтын-Эмель между этими видами существует полоса шириной около 5 км, внутри которой они отсутствуют. Толай обитает южнее, а беляк – севернее.
