Рептилии (пресмыкающиеся) в национальном парке "Алтын-Эмель" представлены 16 видами ящериц, 8 видами змей и 1 видом черепахи.
Горные территории населены меньшим числом видов, чем равнинные участки. На каменистых участках до высоты 3000 м поднимается щитомордник. В нижней части гор Шолак и Матай, на дне ущелий у воды встречаются узорчатый и разноцветный полозы, прыткая ящерица, пискливый геккон. Наиболее многочислен щитомордник.
Сравнительно низкая плотность рептилий в пойме реки Или, которую населяют преимущественно змеи: водяной уж, полоз, щитомордник, обыкновенный уж; из ящериц наиболее многочислен серый геккон, плотность населения которого наиболее высока в туранговых рощах.
Наибольшее количество видов населяет участки пустыни, расположенной между горами и поймой реки Или. Участки щебенистой пустыни бедны в видовом отношении: здесь встречаются степная черепаха, такырная круглоголовка, разноцветная ящурка, стрела-змея, щитомордник.
Несколько большее разнообразие наблюдается в глинистой пустыне – здесь к характерным для щебнистой пустыни видам добавляются степная агама и пискливый геккон. На границе с песчаными массивами появляются быстрая и средняя ящурки. На глинах в межбарханных и межгрядовых понижениях резко возрастает число ящурок, особенно быстрой ящурки. На развеваемых вершинах барханов и гряд обычны, а местами и многочисленны ушастая круглоголовка и сетчатая ящурка. На зарастающих участках обычны линейчатая ящурка, восточный удавчик, стрела-змея.
В Красную книгу Казахстана внесен один вид герпетофауны - круглоголовка Алфераки, населяющий на территории национального парка преимущественно щебнистые пустыни.
1. Пискливый геккончик – Alsophylax pipiens. Встречается в пойменном лесу реки Или, где обитает на стволах старых туранг, а также по предгорьям ксерофитных гор в каменных осыпях, постройках человека.
2. Серый геккон – Mediodactylus russowii. Обитает в щелях скал нижней части ущелий гор Шолак, Дегерес, Катутау. Также встречается на турангах в рощах.
3. Сцинковый геккон – Teratoscincus scincus. Живет в развеянных песках восточной части нацпарка, протянувшихся вдоль поймы реки Или и на Поющем бархане.
4. Степная агама – Trapelus sanguinolentus. Встречается почти на всей территории нацпарка до высот 800-1000 м в глинистой и песчаной пустынях с кустами жузгуна и саксаула.
5. Круглоголовка Кушакевича – Phrynocephalus kuschakewitschi. Встречается только в песчаных массивах, предположительно лишь в самой западной части нацпарка.
6. Круглоголовка Алфераки* – Phrynocephalus alpherakii. В пределах нацпарка населяет преимущественно щебнистые пустыни. Восточнее встречается и в песчаных массивах. Занесена в Красную книгу Казахстана как вид, встречающийся на ограниченной территории.
7. Такырная круглоголовка – Phrynocephalus helioscopus. Широко распространенный на территории нацпарка вид. Населяет преимущественно щебнистые предгорные равнины.
8. Ушастая круглоголовка – Phrynocephalus mystaceus. Обитатель открытых песков и развеянных барханов. Известны находки с Поющего бархана.
9. Пустынный гологлаз – Ablepharus deserti. Обитает на каменистых склонах гор Шолак.
10. Разноцветная ящурка – Eremias arguta. Обитатель глинисто-щебнистых предгорий, широко распространены в Коныроленской долине на высотах 1000-1500 м.
11. Сетчатая ящурка – Eremias grammica. Живет в открытых песчаных массивах восточной части нацпарка вдоль реки Или и на Поющем бархане.
12. Средняя ящурка – Eremias intermedia. Для территории нацпарка известна только с района Поющего бархана.
13. Линейчатая ящурка – Eremias lineolata. Населяет пески вдоль реки Или и северного берега Капчагая.
14. Полосатая ящурка – Eremias scripta. Строгий псаммофил (животное песков), в нацпарке пока зарегистрирован только на Поющем Бархане.
15. Быстрая ящурка – Eremias velox. Многочисленный вид, населяет глинистые, щебнистые и песчаные пустынные места.
16. Прыткая ящерица – Lacerta agilis. Встречается только в горной части нацпарка на высотах более 1000-1200 м среди зарослей шиповника, караганы и других кустарников.
Серый геккон – Mediodactylus russowii.
Степная агама – Trapelus sanguinolentus.
Круглоголовка Алфераки* – Phrynocephalus alpherakii.
Такырная круглоголовка – Phrynocephalus helioscopus.
Ушастая круглоголовка – Phrynocephalus mystaceus.
Полосатая ящурка – Eremias scripta.
